コフナは色々な場面で使われていますが、その中でも基本的な使用方法として｢前作の収穫終了後すみやかに土壌へ散布する（混和する）｣｢作付け前の土壌微生物環境を整えるための投入｣いうものがあります。
微生物を増やすには、適度な水分があることを前提に、｢有機物（エサ）｣｢温度｣｢時間（期間）｣で決まります。このことを踏まえて、コフナの効果を引き出すために微生物が広がる環境を作ることが必要です。土壌中の微生物層を多様化して、有機物を腐植化させて、微生物･腐植が多い状態をつくり、栽培にコフナの特徴を活かして下さい。
収穫終了後の散布
前作の残根･残渣の分解および腐植化し、微生物相を多様化させるために、収穫終了後可能なかぎり早期に、コフナを土壌に散布して下さい。
※混和できない（耕すことができない）場合は、①絶対に散布したコフナを乾燥させない（散布後たい肥を上から散布、根雪が降る前に散布など）
②コフナの周りにエサ（有機物）がある状態を保ってください。
実際に使用されている方法として
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（水稲）切りワラが残っている状態で、雪が降る直前にコフナ散布。
※雪が水分を供給、ワラがエサ -
（ブドウ）雑草が残っている状態で、コフナを散布。
雑草を刈りそのままの状態で散水。表面が乾燥してきたら追加で散水
※雑草をエサとして、水分が不足するので散水する
※軽くレーキで土と混ぜる方もいます。
元肥と同時に散布
1．定植まで2週間以上の期間があけられる場合
基本的な作物ごとの使用量を投入してください。
2．地温が高く、定植までの期間が1週間程度と短い場合
作物によりますが、同時に堆肥や有機肥料を施用するとガス害の発生の恐れがあります。コフナを施用する場合は、未熟な堆肥を使わず、完熟に近い堆肥を使用し、通常使用量の半分（例.露地作物で通常10袋／10a使用している場合は5袋程度に）で使用してください。残りは追肥等で足してください。
10日以下になる場合は、散布後定植までの日数、使用量はテストを行ないその後本格的に使用してください。
3．地温が低く、定植までの期間が1週間程度と短い場合
夏場と比較し、ガス害の発生は低くなります。未熟な堆肥を同時に施用することのみ避けて使用下さい。
4．注意点
- 前作の残渣と未熟な堆肥とコフナを同時に土壌混和し、その後数日で定植したが、生育が進まなかった例があります。元肥と同時に施用する場合は、最大限未熟な堆肥を避け、期間をあけることを心がけてください。
- 水田での使用の場面で、代掻き前日にコフナを散布し、田植え時にガスが一気に湧き、補植の割合が通常の倍以上になったことがあります。水田ではコフナの動きが活発になる条件が整えられておりますので、約1ヶ月前までには散布してください。
